Eclipse no detiene los servidores correctamente

Para las versiones de Eclipse Ganymede (3.4.x), al mandar a detenerse un servidor (simple Stop sobre el servidor en la perspectiva Servers), luego de un tiempo se mostraba un error notificando que el servidor no responde y así daba la impresión de que no se lograba detener.

Posiblemente este error puede conllevar a que el IDE muestre una ventana con el siguiente mensaje:

Server [JBoss v5.0 at localhost] is not responding. Do you want to terminate this server? Click Ok to terminate the server or click Cancel to continue waiting.

Claro esta que para este caso se había definido un runtime de servidor JBoss v5.

El problema en este caso particular era que la ruta con la que configuraba los runtimes (o Server Runtime Enviroments) era relativa. Esto se hacía a fin de hacer más portable dichas configuraciones pero hubo que restringirse a utilizar rutas absolutas para solucionarlo y seguir el paso, o salir de este.., como se prefiera decir.

Por si a caso estas, con demás configuración de los runtime definidos, se pueden editar/agregar/remover en la sección Windows >> Preferences >> Server >> Runtime Environments


También vale aclarar que el mensaje, como se puede apreciar, no da pie del error en cuestión y puede aplicar a otro problema. Por ejemplo que el time out, que se le dió al server creado para ese runtime, no sea tiempo suficiente para que este se detenga, e igual salta el mensaje aunque logre detenerse tarde o temprando.
Esto lo modifican en la sección Timeouts de la definición del servidor, digamos en el Overview; y no se esta haciendo referencia a la configuración del runtime, estas son cosas diferentes.